Rekod terawal secara terperinci mengenai bendera di dalam budaya Melayu adalah di dalam Sulalatus Salatin (atau Sejarah Melayu) nukilan Tun Sri Lanang yang merupakan Bendahara Johor pada masa itu. Dalam karya tersebutTun Sri lanang telah menjelaskan secara terperinci tentang penggunaan panji-panji di Kesultanan Johor. Menurutnya, Sultan Johor menggunakan panji berwarna putih bagi melambangkan kesucian dan kekudusan; bakal raja juga menggunakan panji putih namun berbingkaikan warna diraja iaitu warna kuning; Bendahara menggunakan panji-panji berwarna hijau; Temenggong menggunakan panji berwarna hitam; manakala Laksamana menggunakan panji berwarna merah. Dinyatakan juga bahawa jikalau Bendahara, Temenggong atau Laksamana merupakan seorang kerabat diraja, maka bendera-bendera yang mereka pakai akan berbingkaikan warna diraja.
Penggunaan bendera di dalam budaya Melayu tidaklah asing. Seawal era Kesultanan Melayu Melaka lagi, terdapat rekod-rekod mengenai penggunaan panji-paji berwarna merah dan lambang bulan sabit oleh kerajaan tersebut. Malah, sejak seawal zaman Kerajaan Majapahit lagi sudah terdapat bendera yang digunakan iaitu bendera Sang Saka Getih-Getah Samudera atau Sang Saka Gula Kelapa.
Pada abad ke-17, hampir kesemua kerajaan Melayu menggunakan bendera berwarna putih bagi bendera negeri mereka. Walau bagaimanapun, apabila pihak penjajah British datang ke Tanah Melayu, mereka telah menasihati semua kerajaan-kerajaan Melayu untuk mengubah bendera mereka kepada bendera yang boleh dibezakan antara negeri-negeri lain. Kesemua negeri-negeri tersebut mengikuti nasihat British itu, kecuali Terengganu yang mengekalkan bendera putih itu sehingga tahun 1925.
Apabila British menubuhkan Negeri-negeri Melayu Bersekutu, persekutuan tersebut telah menggunakan satu bendera yang mempunyai empat jalur melintang berwarna putih, merah, kuning dan hitam, dengan satu bujur putih di bahagian tengah bendera yang mengandungi seekor harimau. Bendera tersebut turut diguna pakai bagi Malayan Union namun telah digantikan apabila tertubuhnya Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1957.
