Rekod terawal secara terperinci mengenai bendera di dalam budaya Melayu adalah di dalam Sulalatus Salatin (atau Sejarah Melayu) nukilan Tun Sri Lanang yang merupakan Bendahara Johor pada masa itu. Dalam karya tersebutTun Sri lanang telah menjelaskan secara terperinci tentang penggunaan panji-panji di Kesultanan Johor. Menurutnya, Sultan Johor menggunakan panji berwarna putih bagi melambangkan kesucian dan kekudusan; bakal raja juga menggunakan panji putih namun berbingkaikan warna diraja iaitu warna kuning; Bendahara menggunakan panji-panji berwarna hijau; Temenggong menggunakan panji berwarna hitam; manakala Laksamana menggunakan panji berwarna merah. Dinyatakan juga bahawa jikalau Bendahara, Temenggong atau Laksamana merupakan seorang kerabat diraja, maka bendera-bendera yang mereka pakai akan berbingkaikan warna diraja.

Penggunaan bendera di dalam budaya Melayu tidaklah asing. Seawal era Kesultanan Melayu Melaka lagi, terdapat rekod-rekod mengenai penggunaan panji-paji berwarna merah dan lambang bulan sabit oleh kerajaan tersebut. Malah, sejak seawal zaman Kerajaan Majapahit lagi sudah terdapat bendera yang digunakan iaitu bendera Sang Saka Getih-Getah Samudera atau Sang Saka Gula Kelapa.

Pada abad ke-17, hampir kesemua kerajaan Melayu menggunakan bendera berwarna putih bagi bendera negeri mereka. Walau bagaimanapun, apabila pihak penjajah British datang ke Tanah Melayu, mereka telah menasihati semua kerajaan-kerajaan Melayu untuk mengubah bendera mereka kepada bendera yang boleh dibezakan antara negeri-negeri lain. Kesemua negeri-negeri tersebut mengikuti nasihat British itu, kecuali Terengganu yang mengekalkan bendera putih itu sehingga tahun 1925.

Apabila British menubuhkan Negeri-negeri Melayu Bersekutu, persekutuan tersebut telah menggunakan satu bendera yang mempunyai empat jalur melintang berwarna putih, merah, kuning dan hitam, dengan satu bujur putih di bahagian tengah bendera yang mengandungi seekor harimau. Bendera tersebut turut diguna pakai bagi Malayan Union namun telah digantikan apabila tertubuhnya Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1957.

Dalam konteks sejarah Malaysia walaupun nama "Malaysia" merupakan sebuah konsep moden yang baru diciptakan pada separuh kedua abad ke-20, Malaysia kontemporari tetap menganggap keseluruhan sejarah Tanah Melayu dan Borneo, merangkumi ribuan tahun yang lalu termasuk zaman prasejarah, sebagai sejarahnya tersendiri.

Catatan awal Barat mengenai negara ini bermula sejak orang-orang Yunani seperti Cladius Ptolemy menamakan semenanjung yang terdapat di negara ini sebagai Semenanjung Emas (kini digelar Semenanjung Malaysia) atau "Golden Khorsenese" di dalam buku Geographia yang ditulisnya pada sekitar 150 M. Agama Hindu dan Buddha dari India dan China masing-masing mendominasi sejarah awal negara ini dan mencapai kemuncaknya semasa pemerintahan kerajaan Srivijaya yang berpusat di Sumatera, yang mempunyai pengaruh yang meluas di seluruh Sumatera sendiri, Jawa, Semenanjung Tanah Melayu dan sebahagian besar Borneo dari abad ke-7 hingga ke-17.

Walaupun kedatangan Islam di Semenanjung Tanah Melayu telah berlaku seawal abad ke-10, agama tersebut mula mengukuhkan kedudukannya di Tanah Melayu pada abad ke-14. Penerapan Islam pada abad ke-14 telah menyaksikan kebangkitan kesultanan-kesultanan, yang paling menonjol ialah Kesultanan Melayu Melaka dan Kesultanan Brunei. Islam sememangnya mempunyai pengaruh yang mendalam terhadap orang Melayu. Pada tahun 1511, Melaka telah berjaya ditawan oleh Portugis yang merupakan kuasa penjajah Eropah pertama yang mengukuhkan kedudukan mereka di Semenanjung Tanah Melayu dan Asia Tenggara. Kemudian, Melaka ditawan oleh Belanda pada tahun 1641. Akhirnya, British yang asalnya menubuhkan pangkalannya di Jesselton, Kuching, Pulau Pinang dan Singapura, memperoleh hegemoni mereka di seluruh wilayah Tanah Melayu melalui Perjanjian Inggeris-Belanda 1824. Perjanjian tersebut menetapkan sempadan antara Tanah Melayu British dan Hindia Timur Belanda (yang menjadi Indonesia). Kemudian, Perjanjian Inggeris-Siam 1909 pula menetapkan sempadan antara Tanah Melayu British dan Siam (yang menjadi Thailand). Fasa keempat pengaruh asing ialah kemasukan buruh-buruh dari negara China dan India untuk memenuhi keperluan ekonomi kolonial yang dicipta oleh British di Semenanjung Tanah Melayu dan Borneo.

Pencerobohan Jepun ketika Perang Dunia Kedua mengakhiri penguasaan British di Tanah Melayu setelah pentadbiran British di Singapura menyerah kalah secara rasmi terhadap Jepun. Pendudukan Jepun di Tanah Melayu, Borneo Utara dan Sarawak dari tahun 1942 hingga 1945 memekarkan lagi semangat nasionalisme dalam kalangan penduduk tempatan. Setelah Jepun berundur dari Tanah Melayu selepas dikalahkan oleh pihak Pihak Berikat, Malayan Union ditubuhkan pada tahun 1946 oleh pentadbiran British tetapi ekoran daripada penentangan oleh orang Melayu, penubuhan itu disusun semula sebagai Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1948 sebagai sebuah protektorat hingga tahun 1957. Di Semenanjung Tanah Melayu, Parti Komunis Malaya melancarkan pemberontakan bersenjata untuk menentang British dan ketegangan ini menyebabkan pengisytiharan darurat selama 12 tahun dari 1948 hingga 1960. Tindak balas ketenteraan yang serius terhadap pemberontakan komunis sepanjang tempoh darurat serta Rundingan Baling pada tahun 1955 membawa kepada kemerdekaan di Tanah Melayu pada 31 Ogos 1957 yang dicapai secara diplomatik melalui rundingan dengan British. Tunku Abdul Rahman menyandang jawatan sebagai Perdana Menteri Malaysia yang pertama ketika itu. Pada tahun 1960, darurat ditamatkan setelah ancaman komunis semakin berkurangan dan pengunduran mereka ke sempadan di antara Tanah Melayu dengan Thailand.

Pada 16 September 1963, Persekutuan Malaysia ditubuhkan berikutan penggabungan Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Borneo Utara (Sabah) dan Sarawak. Kira-kira dua tahun kemudian, parlimen Malaysia meluluskan rang undang-undang tanpa persetujuan penandatangan Perjanjian Malaysia 1963 untuk memisahkan Singapura daripada Persekutuan Malaysia. Konfrontasi dengan Indonesia turut berlaku pada awal 1960-an berikutan pembetukan Malaysia. Rusuhan kaum pada tahun 1969 iaitu Peristiwa 13 Mei membawa kepada pelaksanaan darurat, penggantungan parlimen, penubuhan Majlis Gerakan Negara (MAGERAN) serta pembentukan Rukun Negara oleh MAGERAN pada tahun 1970 yang menjadi ideologi kebangsaan bagi mendorong perpaduan dalam kalangan rakyat. Dasar Ekonomi Baru juga telah diperkenalkan pada tahun 1971 yang digunakan hingga tahun 1991 bagi membasmi kemiskinan serta menyusun semula masyarakat untuk menghapuskan pengenalan kaum mengikut fungsi ekonomi. Dasar tersebut disambung dengan Dasar Pembangunan Nasional dari tahun 1991 hingga 2000.

Pada tahun 2015, Perdana Menteri Malaysia, Dato' Sri Najib Razak dituduh menyalurkan lebih RM 2.67 bilion (hampir ASD 700 juta) dari 1Malaysia Development Berhad (1MDB), sebuah syarikat pembangunan strategik yang dikendalikan oleh kerajaan, kepada akaun bank peribadi beliau. Peristiwa itu mencetuskan kritikan yang meluas dalam kalangan rakyat Malaysia, dengan ramai yang menyeru peletakan jawatan beliau termasuk Tun Dr. Mahathir bin Mohamad yang telah berkhidmat sebagai Perdana Menteri, yang akhirnya mengalahkan Dato' Sri Najib untuk kembali berkuasa selepas pilihan raya umum ke-14.

Sejak tahun 1970, gabungan Barisan Nasional yang diketuai oleh Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (UMNO) telah memerintah Malaysia sehingga kekalahannya dalam pilihan raya umum Malaysia 2018 kepada gabungan Pakatan Harapan. Pada bulan Februari 2020, kemelut politik di Malaysia baru-baru ini bermula apabila gabungan Pakatan Harapan jatuh ketika anggota parti BERSATU, BN, PAS, GPS, dan GBS bersama-sama membentuk kerajaan di bawah nama Perikatan Nasional yang dipimpin oleh pemimpin BERSATU iaitu Tan Sri Muhyiddin Yassin. Sebulan kemudian, pada bulan Mac 2020, Malaysia telah dibelenggu pandemik COVID-19 yang membawa kesan ekonomi, sosial dan politik yang serius kepada negara tersebut.

Hari Malaysia disambut pada 16 September setiap tahun untuk memperingati penubuhan persekutuan Malaysia di tarikh yang sama pada tahun 1963. Ia menandakan penggabungan bersama Tanah Melayu, Sabah, Sarawak dan Singapura bagi membentuk Malaysia.Pembentukan persekutuan baru ini dirancangkan berlaku pada 1 Jun 1963 namun kemudiannya ditangguhkan ke 31 Ogos 1963 bagi membolehkan ia disambut bersama-sama dengan sambutan hari kemerdekaan ke-6. Beberapa isu berkaitan dengan bantahan Indonesia dan Filipina untuk pembentukan Malaysia memperlambatkan pengisytiharan hingga ke 16 September pada tahun yang sama. Penangguhan itu juga dibuat bagi membolehkan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu memperuntukkan masa membuat pungutan suara di Borneo Utara (kini Sabah) dan Sarawak. Hari Malaysia merupakan cuti am di negeri Sabah sempena hari keputeraan Yang Di-Pertua Negeri. Walaupun pada awalnya Hari Malaysia bukan merupakan cuti am di Sarawak dan Semenanjung Malaysia, namun mulai tahun 2010, Hari Malaysia juga merupakan cuti am di semua negeri di Malaysia.